Mit der Regionalisierung des Schienenpersonennahverkehrs im Rahmen der Bahnstrukturreform hat der Freistaat Bayern 1996 die Aufgaben- und Finanzverantwortung für den SPNV in Bayern übernommen. Die BEG fungiert als Planungs- und Bestellorganisation für den SPNV im Freistaat Bayern im Auftrag und nach Vorgaben des Bayerischen Staatsministeriums für Wohnen, Bau und Verkehr.

Planung
Die BEG plant die Leistungen des bayerischen SPNV, das heißt, sie bestimmt den Fahrplan, die Umsteigemöglichkeiten und die Mindestkapazitäten auf den einzelnen Strecken - abhängig vom Fahrgastaufkommen, der vorhandenen Infrastruktur und den zur Verfügung stehenden Finanzmitteln.

Finanzierung
Der SPNV finanziert sich rund zur Hälfte aus Fahrgeldeinnahmen. Die andere Hälfte wird durch staatliche Zuwendungen gedeckt. Die BEG hat die Aufgabe, diese Steuergelder bestmöglich zum Vorteil der Fahrgäste zu investieren. Ihr wichtigstes Instrument sind Vergabeverfahren im Wettbewerb: Die BEG schreibt den Betrieb einzelner Strecken und Streckennetze aus und vergibt die Verkehrsleistungen an dasjenige Unternehmen mit dem wirtschaftlichsten Angebot - dem besten Angebot in Bezug auf Preis und Qualität.

Qualitätssicherung
In den Verträgen mit den Eisenbahnverkehrsunternehmen schreibt die BEG detailliert Mindestanforderungen an die Qualität der Verkehrsleistungen vor: von Sauberkeit in den Zügen über die Quote an Zugbegleitern bis zur Information der Fahrgäste. Damit diese Qualitätskriterien im realen Bahnbetrieb eingehalten werden, führt die BEG regelmäßige Kontrollen durch. Deren Ergebnis wirkt sich unmittelbar auf die Unternehmen aus - in Form von Bonus- oder Strafzahlungen.